Doğa Anadolu Liselerinin getirdiği en büyük yeniliklerden biri olan aktif öğrenci meclisleri, haftalık toplantılarla lisenin yıllık planını belirler. Her kampüsün meclis başkanı, haftada bir kez Genel Merkez’de toplanarak kurumun yöneticileriyle toplantı yapar. 
Yönetim yapısı, meclis başkanı, yürütme kurulu ve temsilciler meclisinden meydana gelir. Yürütme kurulu beş temel alanda faaliyet gösterir; Eğitim ve Bilim Projeleri, Sosyal Sorumluluk ve Eğitim Projeleri, Medya ve İletişim, Finansal Kaynak Geliştirme ve Kulüpler Birliği... Bu departmanların herbirini bir başkana bağlıdır ve bu departman başkanlar, Yürütme Kurulu’nda başkan yardımcısı statüsünde görev alır. Departmanlar, kendilerine bağlı komisyonlar oluştururlar. Böylelikle Doğa Anadolu Liseleri’nin bütün öğrencileri, meclise yani lise yönetimine dahil olur. Hayata geçirdikleri projelerle girişimcilik, yöneticilik ve liderlik becerilerini uygulamada geliştirirler.
Aynı dönem, organizasyon, tanıtım ve lojistik çalışmalarını Doğa Öğrenci Meclisleri’nin yürüttüğü Demokrasi ve İnsan Hakları Forumu, misafir ettiği konuklarla uluslararası bir etki yarattı. Katılan konuşmacılar arasındaki bazı isimleri şöyle:
Eski Türkiye, AB Komisyonu Başkanı Joost Lagendijk, Hukuk Anabilimdalından Prof. Dr. Niyazi Öktem, Felsefe Anabilimdalından Dr. Betül Çotuksöken, Ekonomi Anabilimdalından Mehmet Altan.
